- Merajalelanya Bid'ah, Khurafat, syirik, dan tahayyul, sehingga kehidupan beragama tidak sesuai dengan Al-Qur'an dan Hadits
- Marjalelanya kemiskinan, kebodohan, kekolotan, kemunduran bangsa Indonesia umumnya dan umat Islam khususnya.
- Tidak adanya ukhuwah umat Islam serta tidak adanya organisasi Islam yang kuat dan kompak.
- Lemah dan gagalnya sistem pendidikan pondok pesantren, sehingga kurang mencerminkan perkembangan dan kemajuan zaman, dan adanya kehidupan pendidikan yang mengisolasi diri.
Faktor Eksternal berdirinya Muhammadiyah :
- Merajalelanya penjajahan Kolonilis Belanda di Indonesia yang harus dihadapi
- Adanya kegiatan Misionaris Kristen di Indonesia
- Sikap yang merendahkan pada Islam oleh kaum terpelajar, yang menganggap bahwa Islam agama yang out of date, tidak sesuai dengan kemajuan zaman.
- Adanya rencana kristenisasi kolonial Belanda untuk kepentingan politi kolonial.